5 coloranți obișnuiți pentru vizualizarea și colorarea ADN

01 Bromura de etidiu

Bromura de etidiu este probabil cel mai bine cunoscut colorant utilizat pentru vizualizarea ADN-ului. Acesta poate fi utilizat în amestecul de gel, tamponul de electroforeză sau în colorarea gelului după ce este rulat. Moleculele colorantului aderă la firele ADN și fluoresc în lumina UV, arătându-vă exact unde benzile se află în gel. În ciuda avantajului său, dezavantajul este că bromura de etidiu este un potențial cancerigen, deci trebuie tratată cu mare grijă.

02 SYBR Gold

Colorantul SYBR Gold poate fi utilizat pentru a pata ADN dublu sau monocatenar sau pentru a pata ARN. SYBR Gold a lovit piața ca fiind una dintre primele alternative la bromura de etidiu și este considerată mai sensibilă. Colorantul prezintă o fluorescență UV de 1000 de ori odată ce este legată de acizi nucleici. Apoi penetrează gelurile agarozice groase și înalte și poate fi utilizat în geluri de formaldehidă.

Deoarece fluorescența moleculei nelegate este atât de scăzută, nu se cere decopertarea. Titularii de licențe Molecular Probes au dezvoltat și au comercializat, de la lansarea SYBR Gold, și SYBR Safe și SYBR Green, care sunt alternative mai sigure la bromura de etidiu.

03 SYBR Verde

Petele SYBR Green I și II (din nou, comercializate de Molecular Probes) sunt optimizate pentru diferite scopuri. Deoarece se leagă de ADN, ele sunt considerate în continuare mutagene potențiale și din acest motiv trebuie tratate cu grijă. SYBR Green I este mai sensibil pentru a fi utilizat cu ADN dublu catenar, în timp ce SYBR Green II, pe de altă parte, este cel mai bun pentru utilizarea cu ADN sau ARN monocatenar. La fel ca petele populare de bromură de etidiu, aceste pete foarte sensibile fluoresc sub lumină UV.

04 SYBR Safe

SYBR Safe a fost conceput pentru a fi o alternativă mai sigură la bromura de etidiu și alte pete SYBR. Nu este considerat un deșeu periculos și poate fi, în general, eliminat prin sistemele regulate de canalizare (adică prin scurgere), deoarece testarea toxicității indică faptul că nu există toxicitate acută. Testarea indică, de asemenea, că genotoxicitatea este mică sau deloc în cazul celulelor embrionare de hamster sirian (SHE), limfocitelor umane, celulelor limfomului de șoarece și în testul AMES. Pata poate fi utilizată cu un transilluminator cu lumină albastră care cauzează o deteriorare mai redusă a ADN-ului vizual și oferă o eficiență mai bună pentru clonarea ulterioară.

05 Eva Green

Eva Green este un colorant fluorescent verde care a fost găsit a inhiba reacția de polimerizare a lanțului (PCR) într-o măsură mai mică decât alte coloranți. Acest lucru îl face foarte util pentru aplicații cum ar fi PCR cantitative în timp real. Este, de asemenea, o alegere bună dacă utilizați geluri cu punct de topire redus pentru recuperarea ADN-ului. Este foarte stabilă la temperaturi ridicate și are fluorescență foarte scăzută pe cont propriu, dar este foarte fluorescentă când este legată de ADN. De asemenea, sa demonstrat că Eva Green are o citotoxicitate sau mutagenitate foarte scăzută sau deloc.